Rosetta 功能——score（计算结构的能量）

score 功能简介

在 Rosetta 中，生物分子的能量是通过对其进行评分来计算的。 Rosetta 中的分数函数是能量项的加权和，其中一些表示物理力，如静电和范德华相互作用，而另一些则表示统计项，如在拉钱德兰空间中找到扭力角的概率。

[!info]

• fa_atr：不同残基间原子之间的 Lennard-Jones 吸引能（范德华吸引作用）。
• fa_rep：不同残基间原子之间的 Lennard-Jones 排斥能（范德华排斥作用）。
• fa_sol：Lazaridis-Karplus 溶剂化能（经验性隐式溶剂模型）。
• fa_intra_sol_xover4：同一残基内的 Lazaridis-Karplus 溶剂化能（特殊处理交叉距离大于 4 个键的原子对）。
• lk_ball_wtd：非对称溶剂化能（考虑溶剂球方向性影响的加权版本）。
• fa_intra_rep：同一残基内原子之间的 Lennard-Jones 排斥能。
• fa_elec：库仑静电势能，使用距离依赖型介电常数。
• pro_close：脯氨酸环闭合能以及前一个残基 ψ 角的能量项。
• hbond_sr_bb：一级结构中接近的主链-主链氢键能量。
• hbond_lr_bb：一级结构中距离较远的主链-主链氢键能量。
• hbond_bb_sc：主链与侧链之间的氢键能量。
• hbond_sc：侧链与侧链之间的氢键能量。
• dslf_fa13：二硫键几何约束能（用于精细建模二硫键结构）。
• rama_prepro：Ramachandran 构象偏好能（考虑前位为脯氨酸的特殊查表数据）。
• omega：主链 ω 二面角能量，用于限制肽键的共面性（约 6 度标准差的谐波约束）。
• p_aa_pp：在给定 φ/ψ 构象下某氨基酸的概率能（用于构象-序列匹配）。
• fa_dun：侧链构象能，来自 Dunbrack 统计库的旋转异构体内能。
• yhh_planarity：酪氨酸羟基保持在芳香环平面内的特殊扭转能约束。
• ref：每种氨基酸的参考能量，用于平衡氨基酸本身的内部能量（设计时尤为重要）。
• METHOD_WEIGHTS：不是能量项本身，而是 ref 项所依赖的每种氨基酸的参数集。

score 功能本地测试

输入一个 PDB 文件，输出一个打分结果。