Relax：精炼结构

Relax是Rosetta中用于放松结构的主要协议；它在结构的三维空间附近采样构象，以找到评分最低的变体，交替运行 packer 和 minimizer 操作。

修改Relax的作用范围

限制Relax可采样的构象

默认情况下，Relax允许选择新的侧链旋转异构体（rotamer）、移动蛋白质主链，并移动蛋白质亚基之间的相对位置。尽管这有助于协议找到更优解，但在某些情况下，限制Relax对结构的修改可以避免违反生物实验数据。可以通过以下选项提供一个 MoveMap 给 Relax：

-in:file:movemap

如果未指定MoveMap，也可以使用以下选项来分别禁止侧链、主链和跨结构域的运动：

-relax:chi_move false
-relax:bb_move false
-relax:jump_move false

例如，这对于防止设计蛋白与其天然结合伙伴之间的运动可能会很有帮助。

有时不希望完全禁止Relax的剧烈移动，而是希望减少其发生的可能性。这可以通过以下选项添加约束来实现：

-relax:constrain_relax_to_start_coords
-relax:constrain_relax_to_native_coords -in:file:native <filename.pdb>

前者会惩罚与输入结构差异较大的输出结构；后者则惩罚与提供的参考结构（通常为天然构象）差异较大的输出。顾名思义，后者尤其适用于需要保证对某种“天然结构”保持一致的情况。

更改约束的行为

默认情况下，Relax 会随着运行过程的推进逐渐降低所施加约束的权重，以便在保持约束的前提下探索更大的构象空间，同时优化最终结构。若需强制始终保持约束，可以使用以下选项禁用该行为：

-relax:ramp_constraints false

当使用 -relax:constrain_relax_to_start_coords 及类似选项时，这个选项尤其有用。

限制Relax可采样的序列

默认情况下，Relax 不会改变输入序列。但可以通过resfile和以下选项以受控方式允许其进行修改：

-relax:respect_resfile -packing:resfile *resfile*

这将使其内部打包器遵循提供的resfile。这只控制 packer 行为，不影响 minimizer；它也可用于增加关键残基周围的旋转异构体采样，但不会确保特定的rotamer被保留。