Rosetta介绍

Rosetta 平台的部署和学习，目前在本地是 docker 版本部署的，在服务器上的安装还在尝试。现在主要还在根据教程学习阶段。
RosettaFold（一个给定序列，能够预测结构的模型，目前并不在 Rosetta 平台中）的环境部署和数据准备，目前环境基本准备好了，数据还在准备，比较大，1000G的数据。

# Rosetta 介绍

Rosetta 是一个全面的用于构建大分子结构的软件套件。作为一个灵活的多用途应用程序，它包含用于蛋白质和核酸的结构预测、设计和重建的多种工具。由 David Baker 教授领导的实验室开发，起源于1998年，是结构生物学、计算蛋白质设计和分子建模领域的核心工具之一。

# Rosetta 平台直观展示

971 Rosetta每一个功能都是一个二进制文件，并不是以界面形式展示的是以脚本代码驱动的。

# Rosetta 教程

# Home

https://docs.rosettacommons.org/docs/latest/Home

# Tutorials

# Rosseta 基础规定

# Rosseta 输入

输入文件格式：

PDB 文件（ATOM、HETATM、TER 记录，忽略部分原子编号和元素符号，默认加载残基的第一个构象）、
PDB 列表（使用in:file:l选项）、
Silent 文件（Rosetta 特定格式，使用in:file:silent选项）。

[!note] Silent 文件是 Rosetta 特有的一种紧凑格式文件，用于存储多个结构的信息。它在进行大量结构输出的模拟时特别有用，因为在这种情况下，许多文件系统在执行批量操作时会遇到问题。

# Rosseta 输出

常见结构输出文件：

PDB 文件：Rosetta 的默认输出格式，对于不默认输出结构的应用，使用-out:pdb强制输出。
Silent 文件：使用out:file:silent <filename>选项将输出格式更改为 Silent 文件。
压缩文件：使用-out:pdb_gz生成压缩的 PDB 文件，在out:file:silent <filename>中添加.gz后缀生成压缩的 Silent 文件。

# Rosseta 输入表示

Rosetta 在处理蛋白质结构时使用两种主要表示形式：

全原子（full atom）
质心（centroid）

质心表示的必要性：在无限时间和计算能力的理想情况下，可以对全原子进行模拟。实际上，想要采样骨架和所有的侧链原子是不现实的。计算所有原子间的相互作用复杂度约为 $n^2$ 。

质心表示：在质心模式下，主链仍采用全原子表示，而每个侧链则简化为一个具有不同大小的伪原子。对于蛋白质主链，这种表示方式保留了每个氨基酸的五个主链原子：氮原子（N）、α碳原子（CA）、羰基碳原子（C）、羰基氧原子（O）以及氮上的极性氢原子。此外，侧链被替换为β碳原子（CB）和一个称为 CEN （centroid atom）的伪原子，其半径和属性（如极性、电荷等）由该残基的种类决定。

PDB 上两种模式的不同 全原子：侧链原子 CG、OD1、OD2 以及所有氢原子（如 1HB、2HB）都被明确列出。

ATOM      1  N   ASP A   3      -4.524  18.589  17.199  1.00  0.00           N     
ATOM      2  CA  ASP A   3      -3.055  18.336  17.160  1.00  0.00           C    
ATOM      3  C   ASP A   3      -2.676  17.087  16.375  1.00  0.00           C    
ATOM      4  O   ASP A   3      -3.539  16.391  15.835  1.00  0.00           O    
ATOM      5  CB  ASP A   3      -2.498  18.208  18.580  1.00  0.00           C    
ATOM      6  CG  ASP A   3      -3.070  17.016  19.336  1.00  0.00           C    
ATOM      7  OD1 ASP A   3      -3.497  16.083  18.699  1.00  0.00           O    
ATOM      8  OD2 ASP A   3      -3.073  17.050  20.543  1.00  0.00           O 
ATOM      9 1H   ASP A   3      -4.705  19.419  17.727  1.00  0.00           H  
ATOM     10 2H   ASP A   3      -4.868  18.706  16.268  1.00  0.00           H  
ATOM     11 3H   ASP A   3      -4.985  17.814  17.630  1.00  0.00           H  
ATOM     12  HA  ASP A   3      -2.571  19.180  16.669  1.00  0.00           H  
ATOM     13 1HB  ASP A   3      -1.413  18.107  18.538  1.00  0.00           H  
ATOM     14 2HB  ASP A   3      -2.720  19.116  19.141  1.00  0.00           H   
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质心：侧链从 CB 开始往后的原子（如 CG、OD1、OD2 等）被省略，用一个伪原子 CEN 来近似表示整个侧链的体积和理化特性。CEN 的类型写为 X，代表它是一个伪原子，没有真实的化学对应原子。

ATOM      1  N   ASP A   3      -4.524  18.589  17.199  1.00  0.00           N  
ATOM      2  CA  ASP A   3      -3.055  18.336  17.160  1.00  0.00           C  
ATOM      3  C   ASP A   3      -2.676  17.087  16.375  1.00  0.00           C  
ATOM      4  O   ASP A   3      -3.539  16.391  15.835  1.00  0.00           O  
ATOM      5  CB  ASP A   3      -2.496  18.220  18.580  1.00  0.00           C  
ATOM      6  CEN ASP A   3      -2.022  18.783  19.285  1.00  0.00           **X**  
ATOM      7  H   ASP A   3      -5.003  18.619  18.076  1.00  0.00           H  
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可视化上两种模式的不同 左侧是全原子表示法，右侧质心表示法。

#Rosetta

上次更新: 2025/07/04, 10:53:42

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